После ареста Платона Лебедева стало очевидно, что власть предлагает Михаилу Ходорковскому отправиться вслед за Борисом Березовским и Владимиром Гусинским: в эмиграцию. Однако Ходорковский никуда не уехал, а наоборот, отправился в турне по России. Его арестовали в октябре в аэропорту Новосибирска.

Станислав Белковский считает, что Ходорковский был уверен, что его не посадят, так как полагал, что его прикрывают Волошин и Касьянов. А Волошин не смог его прикрыть, так как не ожидал, что Ходорковского могут посадить. «Он думал, что Путин сначала как минимум позовет его посоветоваться, — говорит Белковский. — Волошин думал, что Ходорковского не посадят, потому что это уже перебор. А Путин решил: ничего страшного, переберем».

У многих в Кремле в тот момент был шок — руководство администрации президента узнало об аресте Ходорковского из новостей.