Немцы оставили на территории Генерал-губернаторства систему начального польского образования, но уже 28 сентября 1939 г. были закрыты средние и высшие школы. Исключение было сделано только для нескольких профессиональных и технических двухгодичных немецких училищ. Тогда польское общество возродило систему подпольного образования, сложившуюся до Первой мировой войны, когда велась борьба против русификации и германизации страны. Учителя, профсоюзы и родители создали подпольные курсы при закрытых школах и лицеях. Такие подпольные отделения действовали в годы Второй мировой при 90 из 103 варшавских средних школ, и в них обучалось 25 000 детей (в их число не входили евреи). Только в Варшаве до 1944 г. было выписано 6500 подпольных аттестатов зрелости, 30 % из них так и не были востребованы — те, кому они предназначались, погибли во время Варшавского восстания. От 4200 до 5000 студентов учились в подпольных вузах Варшавы. Созданный в январе 1941 г. департамент народного образования Делегатуры, который курировали Крестьянская и Польская социалистическая партии, провел демократическую образовательную реформу. В мае 1942 г. Станислав Кот основал фонд поддержки науки и культуры, благодаря которому было издано 150 научных книг. С 1939 по 1944 г. было подготовлено несколько сот дипломных работ и диссертаций, что обеспечило преемственность в науке после «освобождения»